Biodiversité et Santé Végétale - Surveillance épidémiologique, épidémiologie moléculaire et adaptation à l’environnement - BSV 1

Enjeux

L'agriculture des départements d'Outre-Mer s'intègre dans un environnement fragile qu'il convient de préserver de l'introduction de nouveaux organismes nuisibles. La productivité, aussi bien en quantité qu’en qualité, dépend en partie de l’état sanitaire du matériel de base et des méthodes de lutte mises en œuvre. En tout point d’une filière végétale, il est fondamental de pouvoir détecter précocement les organismes nuisibles en s’appuyant sur un ensemble de méthodes sensibles et discriminantes.

Plusieurs méthodes de diagnostic existent déjà comme la PCR conventionnelle et la qPCR, mais il n’existe pas encore de méthodes validées, facilement utilisables directement sur le terrain.

Descriptif

Le projet est mis en œuvre au sein de la plateforme du 3P qui accueille des équipes fortement impliquées dans le diagnostic (équipes du Cirad, Laboratoire de la Santé des Végétaux de l’Anses, Clinique du Végétal de la FDGDON). Le projet est conçu pour développer des outils de diagnostic moléculaires utilisables directement en extérieur, sur site, pour des diagnostics établis directement sur les parcelles. Ces méthodes, basées sur les procédés PCR ou encore l’hybridation moléculaire, sont développées pour détecter et identifier des organismes pathogènes, de quarantaine et d'intérêt communautaire, ayant une incidence forte à La Réunion. Des méthodes isothermales telles que la LAMP (Loop-mediated isothermal amplification) ou encore la RPA (recombinase polymerase amplification) sont développées pour la santé végétale mais sont maintenant en plein essor aussi dans le domaine de la santé humaine et animale.

Le développement de ces nouvelles techniques a eu comme conséquence de permettre la mise en évidence par une des équipes du projet de la résistance au cuivre chez la bactérie responsable du chancre citrique à La Réunion, maladie majeure des agrumes.

Changements attendus

De nouveaux outils de diagnostic sont mis en place et l’épidémiosurveillance s’en trouve améliorée, sur Xanthomonas citri pv. citri sur agrumes, sur le complexe d’espèces Ralstonia solanacearum sur Solanacées et sur Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4 sur les bananiers.

Vis-à-vis de X. citri pv. citri, la filière est concernée par :

• La certification des plants d’agrumes en pépinière à La Réunion et la mise en place de la norme européenne CAC
• L’introduction contrôlée et le suivi de nouvelles variétés d’agrumes à La Réunion, plus intéressantes d’un point de vue agronomique,
• Des contrôle facilités, rigoureux, précis et étendus des échanges de matériel végétal dans la zone océan Indien,
• La localisation et la surveillance facilitées des populations bactériennes résistantes au cuivre.

Vis-à-vis du complexe d’espèces Ralstonia solanacearum :

• Le développement de protocoles LAMP c’est-à-dire d’outils permettant un diagnostic rapide au champ ou en serre de cette bactérie.
• La surveillance et le suivi des populations bactériennes les plus prévalentes dans la zone océan Indien.

Impacts attendus

• Les moyens de prévention contre les agents pathogènes avec un diagnostic rapide au champ permettent une mise en œuvre efficace de mesures de luttes ciblées contre ces agents et partagées avec les différents acteurs concernés.
• La réduction des pertes dues à ces organismes grâce aux nouveaux moyens de détection précoces permet une augmentation de la production locale et des quantités disponibles sur les marchés.
• Une agriculture compétitive dans une dynamique agroécologique est promue.