Eviter les épidémies en modifiant les pratiques agricoles et alimentaires

Ebola, Nipah, Marburg, coronavirus… Nombreux sont les virus propagés par les chauves-souris. Si le risque de transmission aux humains est faible, les conséquences peuvent être très graves, comme le montre la crise sanitaire actuelle. L’hypothèse d’une pandémie d’infection à virus Nipah serait, elle, pour le moins catastrophique étant donné le taux de létalité de cette maladie : entre 40 % et 75 %. Le Bangladesh vit des foyers épidémiques de Nipah presque tous les ans. Pourquoi ce pays est-il principalement touché alors que le virus semble circuler dans toutes les populations de chauves-souris d’Asie du sud-est ? Des scientifiques du Cirad et l’Institut Pasteur ont mené l’enquête au Cambodge*. En mobilisant l’écologie, l’anthropologie, la virologie et l’épidémiologie, ils ont montré que l’émergence d’épidémies est fortement liée aux pratiques humaines alimentaires et agricoles.

Nipah est bien présent au Cambodge

Les scientifiques ont traqué le virus au sein de populations de chiroptères et d’humains au Cambodge. Comme ils s’y attendaient, Nipah a bien été retrouvé chez quelques-unes des 3000 chauves-souris testées**. En parallèle, 418 personnes en contact avec ces animaux (chasseur, récolteur et vendeur de jus de palme) ont passé des analyses sérologiques. Résultat : aucune n’a jamais été exposée au virus Nipah. Pour Julien Cappelle, vétérinaire au Cirad, « ces résultats indiquent que le risque de transmission ne se situe pas tant au niveau des chauves-souris que des pratiques humaines.  »

Des habitudes déterminantes dans l’émergence d’épidémie

Les Bangladais sont friands de sève de palmier dattier, une boisson traditionnellement récoltée dans de grandes jarres avec une large ouverture. Les chauves-souris, en venant boire le nectar, peuvent le contaminer par leur salive ou leur urine. Pour le vétérinaire, « ce mode de récolte multiplie le risque de transmission de la maladie aux humains et est probablement la raison des épidémies répétées de l’infection à virus Nipah dans ce pays.  » Par comparaison au Cambodge, les enquêtes de terrain ont montré que c’est le nectar des fleurs de palmier qui est consommé. Il est recueilli dans des bouteilles en plastique, limitant ainsi le risque d’infection. « Nous avons clairement identifié plusieurs voies de transmission virale possibles des chauves-souris aux humains. Elles sont liées aux habitudes de récolte du jus de palme, mais également celle de certains fruits, comme la mangue et la sapotille, qui sont aussi consommés par les chiroptères.  » Au cours de ce projet, les scientifiques ont démontré l’appétence des chiroptères pour les fruits présents dans les jardins des populations locales en équipant 14 chauves-souris de balises GPS pour suivre leurs déplacements.
L’étude a également montré que contrairement à la Malaisie où la première épidémie de Nipah avait démarré dans une zone d’élevage intensif de porc couplé à la culture d’arbres fruitiers, l’élevage porcin dans la zone d’étude au Cambodge reste principalement familial. En évitant de suivre la même voie de développement, de futures épidémies de Nipah pourraient ainsi être évitées.

Changer les pratiques ? Pas si simple

* Ces travaux ont été soutenus par le programme Innovation de la Commission européenne, dans le cadre du projet ComAcross (améliorer la santé et le bien-être des populations fragiles en Asie du Sud-Est par l’interface animal/homme/environnement).

** Les protocoles expérimentaux sont conçus en suivant un guide du bien-être animal et sont ensuite soumis à un comité d’éthique pour validation.

Dupliquer cette approche pluridisciplinaire aux coronavirus

La combinaison d’analyses épidémiologiques, écologiques et ethnologiques est particulièrement pertinente pour décrire la chaine de transmission virale entre différentes espèces. De fait, cette démarche est mobilisée pour l’étude des coronavirus dans différents projets en cours :

• ZooCoV (ANR) — Mise en place d’un système de surveillance intégré des Bétacoronavirus dans la filière de viande de brousse au Cambodge
  Coordonné par le Cirad (dP Grease) et en collaboration avec l’Institut Pasteur du Cambodge, WCS, l’IRD, l’Université de Hong Kong, Fauna and Flora International
• RhinoKHoV (MUSE) — Détection de virus apparentés aux SARS-CoV dans les populations de Rhinolophes du Cambodge, espèces réservoirs des SARS-Cov 1 et 2
  Coordonné par le Cirad, dans le cadre du dP Grease et en collaboration l’Institut Pasteur du Cambodge et financé par le fonds d’urgence Covid-19 de MUSE.
• APOGEE (ANRS) — Prévalence, diversité génétique et distribution géographique des coronavirus chez les chauves-souris sauvages afin d’évaluer le risque pour de futures transmissions zoonotiques. Afrique de l'Ouest, centrale et Zimbabwe. Ce projet associe le Cirad dans le cadre du dP RP-PCP.
  + d'info sur le site de l'IRD.
• DisCoVer (ANR) — Histoire naturelle du SARS-CoV2 : Émergence et Réservoir (Thaïlande, Laos), projet piloté par l’Université de Caen, associant le Cirad dans le cadre du dP Grease.
• Bats & CoV Zimbabwe (MUSE) — Diversité génétique et prévalence de coronavirus dans 2 colonies de microchiroptères (études diversité génétique, prévalence de coronavirus et mieux caractériser les risques de transmission zoonotique), projet associant le Cirad dans le cadre du dP RP-PCP.

Nipah, un virus à haut risque

Le taux de létalité de l’infection à virus Nipah se situe entre 40 % et 75 %. Il n’existe ni traitement ni vaccin et une contagion interhumaine directe a été mise en évidence. Les chauves-souris frugivores de la famille des Pteropodidae sont les hôtes naturels du virus Nipah. L’écologie de ces chiroptères est de fait au cœur de toute recherche sur ce pathogène. Les pratiques agricoles jouent également un rôle clé dans l’émergence de la maladie chez l’humain. Ce fut le cas en Malaisie lors de la première épidémie de Nipah en 1998 (105 décès sur 265 cas humains). L’intensification de l’élevage porcin et de la culture d’arbres fruitiers dans les mêmes localités a été un déterminant important de l’épidémie. Elle a finalement été stoppée par l’abattage de plus d’un million de cochons.