Des kits PCR pour détecter des bactérioses provoquées par des Xanthomonas

Elaboration d’un outil de détection de Xanthomonas axonopodis pv. dieffenbachiae (Xad), agent du dépérissement bactérien de l’oignon :

Il n’existe à ce jour aucune méthode curative reconnue pour lutter contre la maladie due à Xanthomonas axonopodis pv. dieffenbachiae (Xad). Présente sur les cultures d’anthurium, le Xad est une bactérie pathogène recherchée systématiquement dans les serres de quarantaine lors des échanges de matériel végétal. Elle fait l’objet d’une réglementation particulière à l’échelle internationale. Le Cirad a mis au point un nouveau test de diagnostic moléculaire basé sur l’amplification génique, capable de détecter cette bactérie.

• Le test est facile à mettre en œuvre et il est spécifique des souches pathogènes de Xanthomonas axonopodis pv. dieffenbachiae. Directement utilisé sur suspension bactérienne, il permet d’identifier les souches de Xad en provenance de n’importe quelle région du monde infectée par la maladie.
• Le test est très sensible : il peut détecter la présence de la bactérie dans les tissus végétaux avant même l’apparition des symptômes de la maladie.
• Le test permet de traiter rapidement de nombreux échantillons. C’est un outil particulièrement utile pour le criblage de grandes quantités de matériel végétal sans symptômes, comme dans le cas des sorties de quarantaine.

Elaboration d’un outil de détection de Xanthomonas axonopodis pv. allii (Xaa), agent du dépérissement bactérien de l’oignon :

Le dépérissement bactérien de l’oignon est une maladie émergente au niveau international. A la Réunion, c’est un important facteur limitant à la culture de cette alliacée. L’agent causal est une bactérie appartenant au genre Xanthomonas. Il a été mis en évidence que la bactérie était présente dans les semences d’oignon, et qu’une proportion de 4 graines infectées sur 10000 était suffisante pour déclencher une épidémie. Il est apparu alors nécessaire de développer un outil de détection capable d’évaluer la qualité sanitaire des semences produites localement et importées.

Un outil moléculaire basé sur l’amplification de deux marqueurs (Multiplex Nested-PCR) est maintenant achevé, capable de détecter spécifiquement l’ensemble des souches de la collection mondiale de la bactérie. C’est un outil sensible qui permet la détection des bactéries dans les semences après une rapide extraction alcaline, à des taux aussi faibles que 5×10² bactéries par gramme de semences. Des essais réalisés sur divers lots de semences naturellement infectées ont montré que l’outil PCR était capable de détecter la bactérie de manière fiable et répétitive jusqu’à des niveaux de contamination de 1/27340, c’est à dire au dessous du taux expérimentalement associé à un développement d’épidémies au champ et du taux de tolérance standard de 1/10 000 couramment utilisé dans les programmes de certification. Cela en fait un outil de détection performant qui pourrait s’intégrer à un schéma de certification des semences pour améliorer la surveillance sanitaire aux différentes étapes de production ainsi que dans les échanges internationaux.

Caractéristiques

Diagnostic de la bactériose de l’anthurium en Europe et dans tous les lieux de distribution de l’anthurium,mise en place de procédures de certification de matériel végétal.

• Depuis 2010, cette nouvelle méthode de diagnostic sensible et rapide est la méthode de référence.
• A l’île de la Réunion, les producteurs d’anthurium ou d’oignons ont la possibilité de faire réaliser ce test de diagnostic par un laboratoire agréé sur les plantules importées.
• Le test est commercialisé à l’international depuis 2011.

Propriété intellectuelle

Brevet Cirad n° FR2848222.
Un brevet d’invention a été publié en France en 2004 puis étendu aux Pays-Bas en 2006.