Covid-19 | Contribuer à la recherche et à l’expertise internationale

Depuis plusieurs années, le Cirad a développé une expertise de haut niveau en épidémiologie, écologie et dans le domaine de la surveillance des maladies animales et zoonotiques dans les pays tropicaux et méditerranéens. Cette expertise lui confère une capacité de mise en œuvre de ses compétences au service de la recherche sur le COVID-19 en termes d’aide à la décision en Europe, en Asie du Sud-Est et en Afrique où l’épidémie n’en est qu’à ses débuts.

Depuis plusieurs années, le Cirad a développé une expertise de haut niveau en épidémiologie, écologie et dans le domaine de la surveillance des maladies animales et zoonotiques dans les pays tropicaux et méditerranéens. Cette expertise lui confère une capacité de mise en œuvre de ses compétences au service de la recherche sur le COVID-19 en termes d’aide à la décision en Europe, en Asie du Sud-Est et en Afrique où l’épidémie n’en est qu’à ses débuts.

Une recherche multipartenariale mobilisée

Membre associé de l’alliance pour les sciences de la vie et de la santé AVIESAN, le Cirad est également engagé aux côtés de l’Institut Pasteur du Cambodge (IPC) dans un programme de recherche sur les risques de transmission à l’interface entre animaux et populations humaines. Cette action se met en place dans un premier temps avec l’un des 20 projets de recherche (« fonds d’amorçage ») sélectionnés par l’alliance via l’action du consortium REACTing, coordonné par l’Inserm. Ce premier projet, piloté par l’IPC, et qui utilisera des échantillons collectés par plusieurs partenaires dont le Cirad et le dispositif de recherche en partenariat GREASE, vise à évaluer les risques de transmission du COVID-19 dans la région du delta du Mékong à travers les marchés des animaux vivants et espèces sauvages menacées.

Lire le communiqué de presse Inserm

À la suite de cette première étape, le Cirad lance un nouveau projet, ZooCov, financé par l’Agence nationale de la recherche (ANR). ZooCov vise à mieux décrire les filières de commerce de viande sauvage au Cambodge et documenter la diversité des betacoronavirus circulant dans ces filières. In fine, il permettra de développer un système souple et intégré de détection précoce de la transmission d'un agent pathogène d'une espèce à une autre. ZooCov sera mené au sein d’un consortium associant le Cirad, le réseau des Instituts Pasteur, l’IRD, l’International Livestock Research Institute (ILRI), la Wildlife Conservation Society (WCS) et l’UICN.

Les scientifiques impliqués dans ZooCov travailleront en étroite coopération avec ceux du projet DisCoVer également financé par l’ANR. DisCoVer est mené par l'Université de Caen et l'IRD, avec l'association du Cirad. Il se concentrera sur les réservoirs naturels historiques du SARS-CoV-2 au Laos et en Thaïlande.

Ces travaux seront complétés, au travers d’une collaboration étroite avec l’IRD, par un volet consacré à l’Afrique où le risque d’émergence de coronavirus à partir de la faune (chasse, commercialisation) n’est pas connu.

Lire l’actualité ZooCov, un projet pour mieux prévenir la transmission du coronavirus de l’animal sauvage à l’homme

Le Cirad coordonne par ailleurs le projet européen H2020, « MOOD » qui a démarré en mars 2020 et porte sur la détection précoce des émergences et leur suivi. Dans le cadre de ce projet, plusieurs équipes de Belgique, du Royaume-Uni, de France (INSERM) se concentrent sur la modélisation de la transmission du Covid-19. L’ECDC (European Center for Disease Control), l’OMS, la FAO et l’OIE (Organisation mondiale de la santé animale) sont partenaires du projet.

En savoir + sur MOOD

Le projet MOOD utilise, en outre, l’outil de veille en santé animale PADI-web, développé par le Cirad. PADI-web permet de repérer des foyers potentiels de maladies avant qu’ils ne soient officiellement déclarés. Il décortique des centaines d’articles Google News par jour sur une maladie afin de compléter, par tout type d’informations connexes, les sources officielles de veille sanitaire. L’outil PADI-web est également utilisé par la cellule de Veille sanitaire internationale (VSI) de la plateforme française d’Épidémiosurveillance en Santé animale (ESA).

En savoir + sur PADI-web

Dans le domaine des outils prédictifs et d’aides à la décision, plusieurs travaux se mettent en place. Des modèles basés sur la théorie du chaos sont développés par le Centre d’études spatiales de la biosphère (Cesbio), en association avec des épidémiologistes du Cirad. Ces modèles permettent de suivre et d’anticiper l’évolution de la maladie en fonction de différents scénarios et sur la base des données disponibles. Ils représentent des outils d’aide à la décision innovants en matière de contrôle. Une première publication paraîtra prochainement dans la revue Epidemiology & Infection . La suite des travaux va porter sur l’évolution possible dans les pays tropicaux et méditerranéens, en Afrique et en Asie du Sud-Est.

Il est également programmé d’utiliser l’évaluation multicritère spatialisée, en particulier en Afrique, un outil dont les épidémiologistes, géographes et modélisatrices du Cirad au sein des unités Astre et Tétis sont spécialistes et qui permet d’identifier les zones à risque en prenant en compte divers facteurs biologiques, environnementaux et sociaux. Cette étude associera des spécialistes en infectiologie et santé publique de l’IRD.

Expertises et Formations

Épidémiologistes, écologues, sociologues, agronomes, bio-informaticiens, modélisateurs… les scientifiques du Cirad à Montpellier, à l’étranger et dans les dispositifs de recherche en partenariat se mobilisent dans le cadre d’approches innovantes pour la surveillance, déjà expérimentées lors des épidémies de grippes aviaires et porcines et de MERS-CoV avec les Instituts Pasteur, ou encore Ebola en partenariat étroit avec l’IRD.

Avec l'IRD, les scientifiques du Cirad ont développé une approche originale fondée sur la théorie du chaos afin de prévoir l'évolution d'une épidémie telle que le Covid-19.

Lire Covid-19 | Quand la théorie du chaos prévoit l’évolution de l’épidémie

ls sont par ailleurs engagés sur les questions du lien entre biodiversité et santé ainsi que dans l’étude de la perception du Covid-19, l’ évaluation de l’impact de telles crises sanitaires sur les sociétés des pays tropicaux et méditerranéens ainsi que la sécurité alimentaire telles que réalisé par une contribution de deux chercheuses du Cirad (unité Moisa) lors d’une étude sur la crise Ebola 2013-2016.

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Sur le plan de la formation, l’équipe France Vétérinaire International-Cirad propose des MOOC en épidémiologie appliquée à disposition des communautés scientifiques et techniques, partenaires du Cirad au Sud et au Nord.
Le MOOC « Bases en épidémiologie des maladies animales et zoonotiques » a, notamment, été ré-ouvert sur la plateforme France Université Numérique. Dans ce contexte particulier, il est ouvert sans forum, ni suivi de l’équipe pédagogique jusqu’au 30 juin 2020. Il sera cependant possible d'obtenir une attestation de suivi avec succès, délivrée par FUN.

Des formations sont également ouvertes aux partenaires notamment via les agences internationales : OIE, FAO et OMS. Ces formations et collaborations peuvent être mises en œuvre dans le cadre des dispositifs en partenariat tels que le réseau Grease en Asie.

Le Cirad s'engage pour les soins et détection du Covid-19 à Montpellier

Enfin, plusieurs chercheurs et ingénieurs en virologie se sont portés volontaires pour répondre aux différents besoins urgents de détection du virus parmi les populations, mobilisant tout matériel de test disponible dans les laboratoires du Cirad en métropole et dans les départements d’outre-mer. Le Cirad a fait don le 21 mars au CHU de Montpellier de 3000 masques réquisitionnés dans ses laboratoires ainsi que de réactifs utilisés pour les tests de diagnostic. Début avril, ce sont plus de 9 000 gants, 500 sur-chaussures, 300 charlottes, 250 masques de type FFP2 et FFP3 des lunettes de protection et des blouses que le CHU a reçu de la part du Cirad. Des actions de même ordre ont été organisées dans les Drom.